Для научного городка очень важна была подготовка научных кадров. Это и было главной целью создания Новосибирского государственного университета. Система обучения в НГУ отличалась от стандартных систем обучения в других университетах. Во-первых, Университет был тесно связан со всеми научными учреждениями Академгородка. Многие кафедры территориально располагались прямо в профильных институтах. Во-вторых, почти все профессора и преподаватели были научными сотрудниками институтов. Студенты слушали лекции таких всемирно известных ученых, как М.А. Лаврентьев, А.И. Мальцев, С.Л. Соболев, Л.В. Канторович. А.А. Ляпунов, А.Г. Аганбегян, А.Л. Окладников и других. Наконец, практику и специализацию студенты проходили прямо в институтах.
Конечно, Академгородок создавался не для свободомыслия и не для студенческого движения. Однако собрать тысячи молодых ученых для занятий наукой в тот исторический момент -- значило рискнуть получить именно такой Академгородок, потому что большинство из этих тысяч были "детьми XX съезда", как называли тогда, или "шестидесятниками", как их теперь называют. Не все, конечно, были шестидесятниками. Например, собранные в Академгородке историки относились в своем большинстве к более старшему поколению, сформировавшемуся в сталинизме, что до сих пор оказывает свое влияние. Студенты 60-х годов "детьми XX съезда" не были - они относились к младшей когорте шестидесятников, формировавшейся под влиянием XXII съезда, т.е. открытого осуждения сталинизма. Их "старшие братья" - аспиранты и мэнээсы уже пережили идейный кризис зигзагов "оттепели", но создали "дух Академгородка".
Этап широкого организованного оппозиционного студенческого движения приходится не на 1968 г., как принято считать, а на 1964--67 годы. В этот период были найдены его формы, возможные при тоталитарном режиме, т.е. обеспечивающие как оппозиционность, так и продолжение учебы без репрессий для большинства участников. Эта форма не была тайной, подпольной, революционной организацией, что было характерно для студенческих организаций Томска и Ленинграда, но и не была полностью явной, открытой, а сохраняла за внешним внутреннее и ротацию на протяжении четырех учебных лет.
В руководстве разными формами студенческого движения - общественно-политический кружок (ОПК), дискуссионный клуб, стенгазета "Треугольник", киноклуб, Клуб студенческой инициативы, социологический кружок - участвовали примерно 20 человек, идейно взаимосвязанных антитоталитарной позицией и координацией своих действий. Общая численность студентов, принимавших участие в организованном движении, колебалась от 100 до 300 человек, а в некоторых акциях принимало участие большинство студентов НГУ.
В формировании широкого студенческого движения в НГУ особую роль сыграл кружок старшекурсников мехмата. В этом кружке и возникла идея определить идейную основу будущего оппозиционного студенческого движения в НГУ. Летом 1964 г. в археологической экспедиции на Алтае было решено создать общественно-политический кружок (ОПК), который и положил начало широкому оппозиционному студенческому движению в НГУ. 14 октября 1964 г. -- день снятия Н.С. Хрущева -- на ОПК был прочитан доклад "От революции к культу". Следующие заседания кружка, на которых присутствовали уже многие десятки студентов различных факультетов, вызвали нервозность деканата и парткома. В это время (1964--65 уч. г.) создается стенгазета "Треугольник" и формируется общеуниверситетский актив студенческого движения. В 1965--66 и 66--67 уч. годах студенческое движение активно развивается, в это время создаются новые формы студенческого движения: клуб студенческой инициативы - КСИ, социологический кружок под руководством Л. Борисовой - единственной из преподавателей, участвовавшей в студенческом движении непосредственно и активно, студенческий киноклуб - Виктор Матизен и др. Студенческое движение вносит свое влияние и в такие общие мероприятия университетского комсомола, как студенческие целинные и строительные отряды.
Завершающий этап организованного оппозиционного студенческого движения был сложен и продолжителен. Было ли оно разгромлено? Да, но его громили с самого начала, и такой особой акции, как погрома общественного движения в Академгородке в 1968 году, в университете не было. Громили преподавателей-подписантов, искали студентов, писавших по ночам лозунги на стенах, но к студенческому движению в целом это уже не относилось. Принято считать последним годом организованного оппозиционного студенческого движения 1967--68 учебный год. В это время распадается руководящая группа и межфакультетская связь, теряется инициативная, авангардная роль оппозиционного актива, проявляется деятельность одиночек и малых конспиративных групп. Тогда же примерно возникает маевочное движение. Осенью 1968 года студенческое движение организованной целостности собой уже не представляло.
Как студенчество, так и идеологическое руководство университета сознавали и постоянно ощущали оппозиционность организованного студенческого движения, его неподконтрольность, нонконформизм. В эти годы в университете шла постоянная, каждодневная, разносторонняя идейная борьба. Она составляла суть организованного студенческого движения в самых разнообразных его формах. И в этой борьбе с 1964 года по начало 70-х годов идеологическое руководство университета (партком НГУ) терпело общее поражение. Даже после организационного разгрома студенческого движения его идейное влияние оставалось доминирующим в университете еще несколько лет.
Особую сложную проблему для историка представляет воссоздание идейной позиции студенческого движения 60-х годов. Эту позицию вряд ли стоит рассматривать как целостную идеологию или как только идеологию, но было бы неверно и сводить ее к антиидеологизму. Идейные искания являлись главной задачей начального этапа студенческого движения, т.е. 1963--64 годов, и определились в докладе "От революции к культу". И позже идейная работа продолжалась, и кое-какие документы о ней сохранились.
Именно идейная определенность позволила развернуть широкое организованное студенческое движение в НГУ и сохранять его редкостно длительный период в тоталитарных условиях. Эта идейная позиция была противоположна официальной идеологии тоталитарного режима, но также противоположна и революционной идеологии тайных студенческих организаций типа томских "Фиделитов". Эта идейная позиция ориентировала студентов не на подготовку восстания против режима, что было бессмысленно в тех исторических условиях, но и не на согласие с режимом, а на выработку собственного мировоззрения, нравственной позиции, на учебу и подготовку к жизни в сложных политических и социокультурных обстоятельствах. Характерен и достоин внимания тот факт, что никто из активных деятелей студенческого движения в НГУ той поры не занял позже видного места ни в коммунистической, ни в нынешней политической иерархии.
Активно действовала и комсомольская организация НГУ. Она организовывала массовые интернациональные акции. Начинались они с проведения ежегодных политических маевок 30 апреля. Была также традиционная Неделя интернациональной солидарности в конце апреля. Она включала различные формы: это политическая маевка, конкурс – фестиваль политической песни, конкурс политического плаката, политической газеты, конференция по проблемам интернационального воспитания молодежи, кампания по сбору значков «Значок с изображением В.И. Ленина», «Значок Страны Советов – оружие в борьбе с реакцией», акция по отправлению открыток солидарности и протеста и т.д.
Массовые интернациональные акции являлись действенной формой приобщения молодежи к политической жизни планеты и воспитания пролетарского интернационализма. Интернациональная деятельность Академгородка приобрела широкую известность и определенный международный резонанс.